Bacterial and Fungal Infections Promote the Bone Erosion Progression in Acquired Cholesteatoma Revealed by Metagenomic Next-Generation Sequencing

近日，浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院聯(lián)合杰毅生物共同開(kāi)展了關(guān)于中耳膽脂瘤的發(fā)病機(jī)制研究。并首次應(yīng)用 mNGS 探究了病原微生物與中耳膽脂瘤之間的聯(lián)系，研究成果于 2021 年 11 月 5 日發(fā)表在《Frontiers in Microbiology》（IF?5.64）雜志上。浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院耳鼻咽喉科蔣驊主任為本文第一作者，浙大醫(yī)學(xué)院轉(zhuǎn)化學(xué)院陳祥軍教授為本文通訊作者，杰毅生物王珺博士、韓序博士和丁文超博士共同參與此研究。

Metagenomic next-generation sequencing to identify pathogens and cancer in lung biopsy tissue

北京大學(xué)人民醫(yī)院檢驗(yàn)科王輝教授團(tuán)隊(duì)在國(guó)際著名的柳葉刀子刊《EBioMedicine》（IF=8.143）發(fā)表了題為 “Metagenomic next-generation sequencing to identify pathogens and cancer in lung biopsy tissue” 的研究論文。王輝教授為本文通訊作者，杰毅生物王珺博士和丁文超博士共同參與了此項(xiàng)研究。

本研究首次報(bào)道了基于 Illumina 測(cè)序平臺(tái)的 mNGS 在肺活檢組織標(biāo)本中同時(shí)診斷感染和腫瘤。該技術(shù)可以有效地對(duì)影像學(xué)異常如肺部陰影、占位性病變或結(jié)節(jié)的患者提供腫瘤診斷。

Metagenomic sequencing with spiked-in internal control to monitor cellularity and diagnosis of pneumonia

浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院、浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院等 15 家醫(yī)院聯(lián)合杰毅開(kāi)展的，針對(duì)肺部感染患者的定量宏基因組檢測(cè)多中心研究取得重要進(jìn)展，研究成果正式發(fā)表于《Journal of Infection》（2020 年影響因子 6.072）。論文第一作者為浙江大學(xué)附屬第一醫(yī)院呼吸內(nèi)科周華主任和杰毅生物研發(fā)部歐陽(yáng)川博士，通訊作者為浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院副院長(zhǎng)、感染科主任俞云松教授和杰毅生物醫(yī)學(xué)部負(fù)責(zé)人劉超博士。

該研究結(jié)果顯示，mNGS 檢測(cè)到的微生物序列數(shù)受標(biāo)本中微生物和人源細(xì)胞含量雙重影響，而差異化裂解去人源會(huì)同時(shí)造成某些微生物序列數(shù)上升，某些微生物序列數(shù)下降，因此不建議對(duì)所有標(biāo)本無(wú)差別應(yīng)用。借助分子內(nèi)標(biāo)（spike），mNGS 可實(shí)現(xiàn)對(duì)標(biāo)本中人源和病原含量進(jìn)行定量檢測(cè)，結(jié)合選擇性去人源，對(duì) BALF 的診斷陽(yáng)性率可達(dá) 93.04%，對(duì) BALF 的診斷特異性可達(dá) 93.33%。

A proof‐of‐concept study of an automated solution for clinical metagenomic next‐generation sequencing

杰毅生物與中山大學(xué)孫逸仙紀(jì)念醫(yī)院檢驗(yàn)科合作開(kāi)展的臨床宏基因組下一代測(cè)序（mNGS）自動(dòng)化解決方案的性能驗(yàn)證研究取得了重要進(jìn)展，該研究對(duì)基于 NGSmaster 和 PCR-free 的 mNGS 自動(dòng)化流程的檢測(cè)性能進(jìn)行了驗(yàn)證，表明 “樣本進(jìn)、文庫(kù)出” 的 NGSmaster 自動(dòng)化流程實(shí)現(xiàn)了 mNGS 檢測(cè)更快、更準(zhǔn)、更方便，使 mNGS 檢測(cè)項(xiàng)目更容易落地到醫(yī)療機(jī)構(gòu)進(jìn)行本地化開(kāi)展，實(shí)現(xiàn) mNGS 對(duì)于危重和免疫功能低下患者感染診療的更大價(jià)值。該研究首次對(duì) mNGS 自動(dòng)化流程的性能進(jìn)行了驗(yàn)證，提出自動(dòng)化流程對(duì)于提升 mNGS 檢測(cè)時(shí)效性、控制外源微生物污染等具有巨大優(yōu)勢(shì)，對(duì)于實(shí)現(xiàn) mNGS 在醫(yī)療機(jī)構(gòu)的本地化開(kāi)展具有里程碑意義。

Clinical Assessment of the Utility of Metagenomic Next-Generation Sequencing in Pediatric Patients of Hematology Department

杰毅生物與浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬兒童醫(yī)院經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期合作開(kāi)展的兒童血液病感染患者臨床研究取得了重要進(jìn)展。該研究納入了 70 例疑似感染的兒童血液病患者，采集外周血、咽拭子、肺泡灌洗液（BALF）等樣本類型共 104 例進(jìn)行 mNGS 檢測(cè)。該研究中，mNGS 的總體陽(yáng)性率為 84.62%（88/104），相較傳統(tǒng)血培養(yǎng)（5.71%，4/70）存在巨大優(yōu)勢(shì)。此外，mNGS 具有不基于培養(yǎng)、無(wú)需假設(shè)等優(yōu)點(diǎn)，在面對(duì)復(fù)雜感染或疑難感染時(shí)具有重要診斷價(jià)值。該研究證實(shí)：1. 當(dāng)血液科患者處于以下情況時(shí)，mNGS 檢測(cè)可以輔助感染鑒別診斷；2. mNGS 檢測(cè)可以擴(kuò)大病原微生物的檢測(cè)范圍，在臨床的使用可以輔助疑似感染疾病患者的鑒別診斷，控制和降低經(jīng)驗(yàn)性抗生素治療的使用。

Detection of Mitochondrial Mutations Through Isothermal Nucleic Acid Amplification Coupled With Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat-Associated Endonuclease Cas13a

杰毅生物開(kāi)創(chuàng)的新型核酸檢測(cè)技術(shù) CNAD（CRISPR-mediated nucleic acid detection）取得了重大突破，在與浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院聯(lián)合開(kāi)展的研究中，于非變性條件下成功實(shí)現(xiàn)了對(duì)人類線粒體基因的恒溫?cái)U(kuò)增和點(diǎn)突變檢測(cè)。相關(guān)研究成果發(fā)表于《Frontiers in Genetics》。本研究首次實(shí)現(xiàn)了 TMA 對(duì)環(huán)狀 dsDNA 如線粒體 DNA 的擴(kuò)增，并將 TMA 與 Cas13a 實(shí)驗(yàn)結(jié)合（CRISPR-mediated nucleic acid detection, CNAD），在恒溫非變性條件下實(shí)現(xiàn)了線粒體基因的點(diǎn)突變檢測(cè)。